Adapun faktor kedua, menurutnya karena lemahnya tata kelola kelembagaan layanan Keterbukaan Informasi PPID (Pejabat Pengelola Informasi dan Dokumentasi) BP. Ia menyatakan hal ini terungkap dari jawaban-jawaban BP terhadap SAQ yang terkesan apa adanya.
Handoko yang merupakan Komisioner Bidang Kelembagaan KI Pusat mengatakan BP yang dinilai :”kurang” dan ”tidak informatif” didominasi oleh Perguruan Tinggi Negeri sebanyak 102 PTN (68 persen), 22 Badan Usaha Milik Negara (33 persen), 20 Lembaga Non Struktural (.66 persen), dan 7 Lembaga Negara & Lembaga Pemerintah Non Kementerian (17 persen), lalu 6 Pemerintah Provinsi dan 3 Partai Politik masing-masing mencatatkan 17 persen dan 33 persen.
Handoko juga menyampaikan bawah BP yang masuk kualifikasi ”Informatif” sebanyak 162 yang terdiri dari 35 Perguruan Tinggi Negeri (23 persen), 36 Badan Usaha Milik Negara (55 persen), 8 Lembaga Non Struktural (26 persen), dan 26 Lembaga Negara & Lembaga Pemerintah Non Kementerian (63 persen), lalu 22 Pemerintah Provinsi dan 4 Partai Politik masing-masing mencatatkan 64 persen dan 44 persen.